2006 年 4 月，新罕布什尔州达特茅斯-希区柯克医疗中心爆发危机。一名工作人员布鲁克·亨顿（Brooke Herndon）医生是一名内科专家，他连续几周不停地咳嗽。因为不停的咳嗽可能是百日咳（whooping cough）的症状，所以传染病专家推测这可能是流行病的开始。他们认为，在接下来的几周里，越来越多的医护人员开始咳嗽这件事证实了这个推测。
医院采取了严厉措施，近 1,000 名员工被停工。医院推出了一种新的快速检测设备，当 142 人（约 15%）被检测出百日咳阳性时，他们最担心的事情发生了。数千人接受了抗生素治疗，并注射了 3,599 剂最近批准的百日咳疫苗，在大规模免疫活动中覆盖了 72% 的医院工作人员。正常的医院服务受到严重干扰，包括重症监护病床减少。然而，令人大吃一惊的是，到年底才发现整个事情都是虚惊一场。没有一例百日咳病例是通过既定的“黄金标准”确诊的：即从患者样本中识别出百日咳博德特氏菌（Bordetella pertussis）。（这种“黄金标准”测试也存在问题，将在下一节中讨论。）医学记者吉娜·科拉塔（Gina Kolata）在 2007 年的《纽约时报》上概述了新检测设备的情况：
达特茅斯决定使用 P.C.R. 测试进行聚合酶链反应。这是一种分子检测，直到最近，它还仅限于分子生物学实验室……现在，流行病学家和传染病专家回顾这一事件时说，问题在于他们过于相信一种快速且高度敏感的分子检测，结果却误入歧途。传染病专家说，这种检测的使用越来越广泛，可能是诊断百日咳、军团病（Legionnaire’s）、禽流感、肺结核和 SARS 等疾病以及确定是否正在发生流行病的唯一快速方法。
约翰霍普金斯大学的流行病学家特莉什·珀尔（Trish Perl）博士表示，目前还没有关于过度依赖这些分子检测导致假流行病的良好数据。她在 2007 年《纽约时报》的文章中说：“这是一个问题；我们知道这是一个问题……我猜达特茅斯发生的事情会变得更加普遍。”
然而，尽管记录如此糟糕，但许多卫生当局现在声称 PCR 是诊断百日咳的首选检查方法。例如，新西兰卫生部曾要求正式分离涉案细菌百日咳博德特氏菌，才能算作百日咳确诊病例。然而，卫生部在 2012 年改变了标准，并宣布：
确诊病例的实验室确凿证据需要分离百日咳杆菌或检测百日咳杆菌核酸 [通过 PCR]，最好是从鼻咽拭子中检测……PCR 应被视为首选诊断方法，除非症状出现后延迟到 4 周，或阵发性咳嗽开始后 3 周。
那么，为什么他们承认会产生如此多假阳性结果的过程会越来越多地被推荐为首选测试？
医学研究员希拉里·巴特勒（Hilary Butler）推测，将可疑测试引入新的病例定义背后可能有不可告人的动机：
那些想要“制造数据”的人，意图为政府官员或媒体提供所谓的“黄金标准证据”，以表明百日咳病例有所增加。新的诊断标准是否是因为他们需要加强对人们的“控制”，并主张为所有人接种更多的百日咳加强疫苗？
2007 年 4 月 1 日，Relias Media 发表了一篇文章，这篇文章并没有消除这些疑虑。Relias Media 为北美的医生提供继续医学教育，并自称是“值得信赖的医疗保健信息来源”。尽管达特茅斯-希区柯克员工健康中心的医疗总监罗伯特·麦克莱伦（Robert McLellan）承认没有发生过百日咳疫情，但文章的结论却不合逻辑：“达特茅斯案例指出了医护人员接种百日咳疫苗的好处。”由于“疫情”与百日咳无关，因此尚不清楚疫苗接种实际上带来了哪些好处。也许他们是在说，如果没有疫苗，假疫情也会变成真正的疫情？然而，历史数据并不支持这种说法，第 6 章将对此进行解释。
达特茅斯事件还凸显了医疗行业习惯于高估在这种情况下推出包括疫苗在内的医疗干预措施的好处，同时低估潜在的不良后果。太多卫生专业人员在没有核实现有证据基础的情况下就对疫苗做出夸大其词的积极声明。2019 年，资深药物研究员彼得·戈茨谢（Peter Gøtzsche）教授评估了有关 DTP（白喉、破伤风和百日咳）疫苗的证据，并评论道：
医学伦理学中最重要的原则是：首先，不要造成伤害。我认为，除非是大型随机试验中的一种干预手段，否则不应使用 DTP 疫苗……药物或疫苗制造商有责任在随机试验中证明其有效，并显示出正面的收益与风险平衡。对于 DTP 疫苗，这一点尚未得到验证……因此，我认为，在未获得完全知情同意的情况下，不应向任何人提供该疫苗，且该知情同意应包含疫苗可能增加总体死亡率的信息。
顺便说一句，目前美国 CDC 推荐的成人百日咳疫苗是 Tdap（破伤风、白喉和无细胞百日咳）疫苗。与 DTP 疫苗一样，没有随机对照试验支持 CDC 的声明：“成人应每 10 年接种一次 Tdap 或 Td（另一种疫苗，可预防破伤风和白喉，但不预防百日咳）加强剂量，或在有严重或肮脏的伤口或烧伤的情况下每 5 年接种一次。”事实上，许多读者都熟悉在寻求急性伤口医疗救治时被迫注射破伤风针的经历。推广这些注射的从业者几乎普遍没有意识到，没有确凿的证据支持使用这些注射剂，接受者面临不良事件的风险。
回到达特茅斯的经验，PCR 用于临床诊断究竟出了什么问题？同样，我们必须牢记 PCR 的局限性：它只是扩增选定的基因序列。因此，以下是达特茅斯-希区柯克医疗中心出现 100% 假阳性率的一些可能性（已经意识到病原体理论存在缺陷的读者可以跳到下一部分）：
- 许多人的肺部可能有少量百日咳博德特氏菌，这些细菌可能已经死亡，或者数量如此之少，以至于不会致病或培养出“阳性”细菌。但是，PCR 非常敏感，因此会显示阳性结果。
- PCR 可能对其他博德特氏菌种（如 B. holmesii 或 B. bronchiseptica）有反应。
- 目标 DNA 受到污染。这可能来自环境表面或在临床标本的收集过程中。
- PCR 测试以高循环计数（例如，大于 35）运行，导致非特异性扩增。换句话说，目标序列甚至不存在于样本中，但结果为阳性。
- 目标基因序列并非百日咳博德特氏菌所特有，可能存在于其他生物体中，包括博德特氏菌属以外的生物体。
- 标本采集过程和实验室处理方面存在许多技术错误。
但是，还有另一个更重要的可能性需要考虑，与上述第 1 点有关。PCR 可能无意中推翻了病原体理论，证明百日咳博德特氏菌不是百日咳这种疾病的病因。这涉及到了人们生病的根本原因。百日咳肯定与百日咳博德特氏菌的存在有关，或者至少与这种特定细菌的存在比平时更多有关。但是，这并不意味着我们的肺部有一些细菌会让我们生病。这当然也不能证明它是一种传染病。
