在线百科全书维基百科在其“百日咳”条目中明确指出，“百日咳是由百日咳杆菌引起的”，并为该说法提供了唯一的参考资料。该参考资料是 CDC 网页，与许多公共卫生当局一样，它强调指出，“百日咳，一种呼吸道疾病，是一种由名为百日咳杆菌的细菌引起的传染性极强的疾病。”
CDC 网页为其说法引用了两个参考资料。第一篇参考文献是 2004 年的一篇流行病学论文，该论文只是采访了家庭成员，以确定 616 例（43%）婴儿病例中的 264 例的所谓感染“来源”。第二篇 CDC 参考文献《百日咳博德特氏菌向婴儿的传播》是一项前瞻性研究，调查了 95 例婴儿百日咳病例中的 404 名“接触者”。本文的方法涉及对所有参与者进行诊断评估（包括 PCR 和血液测试），与症状无关。结论是，在 48% 的病例中已经确定了“来源”。换句话说，尽管他们努力寻找，但他们无法在超过一半的病例中确定所谓的来源，如果他们确实找到了“来源”，那么所谓的罪魁祸首可能完全健康。更重要的是，这两项研究都没有合适的方法来确定细菌是否导致疾病或人类是否可以传播百日咳。
值得注意的是，第二篇论文声称“百日咳疫苗接种使工业化国家报告的病例数从高峰期减少了 95% 以上”。这种说法具有欺骗性，因为疫苗不可能是疾病负担大幅下降的重要因素。正如《消除幻象》（Dissolving Illusions）一书中所记录的那样，到 20 世纪 50 年代广泛引入百日咳疫苗接种时，百日咳已成为一种轻微疾病，美国的死亡率下降了 90% 以上，英国的死亡率下降了 99%。
此外，瑞典传染病控制研究所的维多利亚·罗马努斯 (Victoria Romanus) 在 1995 年的一封信中指出，在瑞典没有国家疫苗计划的情况下，1981 年至 1993 年期间，全国范围内每年死于百日咳的儿童仅有 0.6 人。1 显然，百日咳疫苗并不是死亡率大幅下降的原因，而大多数公众都被误导了。（作者建议读者查阅《消除幻象》，其中对疫苗与所有最知名的儿童疾病的关系给出了类似的结论。）
从 CDC 引用的这两项研究中，根本无法得出结论：(a) 百日咳杆菌是百日咳的病原体，或 (b) 人与人之间会发生疾病传播。最多可以得出这样的结论：细菌的存在与百日咳的临床表现有关，有时在具有共同环境条件的人群中会出现聚集性发病。
显然，使用 PCR 检测“病例”是非常可疑的。即使 PCR 具有非常特异性的引物并且经过极其谨慎的检测，从细菌中找到一些基因序列的临床意义又是什么呢？细菌可能已经死亡，或者如果还活着，只是数量非常少，不会对肺部造成问题。至关重要的是，PCR 本身无法确定一个人在这种情况下是健康还是不健康。
如果我们研究百日咳细菌明显被鉴定的历史，我们就会发现，人们很早就想到了“传染性病原体”的概念。 1765 年，被认为是儿科领域先驱之一的瑞典医生尼尔斯·罗森·冯·罗森斯坦（Nils Rosen von Rosenstein）评论道：
这种疾病的真正病因一定是某种具有繁殖能力的异质物质或种子，就像天花一样……我们发现它通过感染传播，其中一部分被呼吸吸入肺部。
然后在 1901 年，当病原体理论的关注度变得更高时，芝加哥临床学院儿童疾病教授马库斯·哈特菲尔德（Marcus Hatfield）写道：
传染性很强，偶然的相遇、短暂的交谈或坐在生病的孩子旁边通常就足以传播疾病，也可能通过亚麻布或被百日咳患者痰液弄脏的衣服传播……人们普遍认为微生物是百日咳的诱因，但其自然史尚未明确确定，尽管自 1867 年，细菌学家在短时间内发现了所谓的致病微生物。
比利时微生物学家儒勒·博尔德（Jules Bordet）和奥克塔夫·根古（Octave Gengou）接受了挑战，确认了所谓的致病微生物，并于 1906 年宣布他们已经找到它，正如帕特里克·吉尔弗伊尔（Patrick Guilfoile）在 2010 年的这本书中所述：
博尔德和根古最初从一名患有百日咳的五个月大婴儿身上提取呼吸道分泌物，并将该物质放在生长培养基中。许多小细菌（现已被鉴定为百日咳博德特氏菌）在培养皿中生长。随后，他们将装有这种培养基的培养皿放在患有百日咳的儿童的嘴下，在咳嗽期间，从这些其他患者身上分离出相同的病原体。
因此，从 1906 年起，百日咳博德特氏菌通常被认为是百日咳这种临床症状的病原体。然而，博尔德和根古的描述并没有证实这种细菌被人吸入后会致病。相反，他们只是在一些持续咳嗽的人的呼吸道分泌物中发现了这种细菌。持续咳嗽只是呼吸道异常状态的征兆。他们唯一重要的发现是与百日咳杆菌的存在或至少是数量增加有关联。
在现代，动物研究被引用为百日咳博德特氏菌引起百日咳的明显证据。当我们仔细审视这些研究的方法时，很难说这些研究确立了这样的主张。例如，研究人员通过气管插管将高浓度的细菌培养物直接引入恒河猴的鼻腔和肺部，并在此过程中使用氯胺酮进行麻醉。这种方法显然无法模拟自然界中的任何情境。随后，他们在此基础上得出结论：
所有四只猴子都被感染了，这可以从我们从接种后第 3 天到大约第 15 天的鼻咽冲洗液中分离出百日咳博德特氏菌的能力中得到证明。四只猴子中有两只的白细胞显著增加（分别增加了 4 倍和 6 倍）。两只白细胞计数升高的猴子中有一只出现了轻微咳嗽，持续了好几天。
总之，一半的猴子白细胞计数上升，这是当异物直接倒入肺部时预期的炎症反应，只有一只出现了咳嗽，这也是人工诱导的肺部刺激所导致的。然后他们声称，在接下来的两周里，他们在倒入细菌的地方发现了细菌，从而“证明”了感染。通过将浓缩的细菌混合物直接注射到小狒狒的肺部，让它们咳嗽，取得了更大的“成功”。然而，没有对照组动物来观察仅仅将其他类型的混合物直接倒入肺部是否会产生类似的效果。换句话说，这些实验都没有遵循科学方法，也没有确定细菌是导致症状的原因。
然而，其他声称证明狒狒“感染”百日咳的实验也很可疑。在 2014 年美国食品和药物管理局的一项研究中，年轻的狒狒再次被浓缩的细菌培养物直接注入肺部，从而“感染”了百日咳博德特氏菌。他们发现，将这些“感染”的狒狒与其他狒狒共同饲养会导致后者被百日咳博德特氏菌“殖民”。但这些“被殖民”的狒狒并没有患上百日咳或身体不适。相反，研究人员只是在它们的呼吸道中检测到了细菌。此外，接种过疫苗的动物和未接种疫苗的动物之间的殖民程度难以区分，这对于疫苗提供保护的说法来说是一个不便的结果。
因此，尽管 1906 年宣布百日咳杆菌是百日咳的病因，但一个多世纪后，似乎没有一篇科学出版物证实事实确实如此。当一个人身体不适时，由于呼吸道内环境的变化（包括死亡细胞），百日咳杆菌等细菌更容易过度生长，这种情况仍然完全有可能。尽管有人声称“百日咳患者通常通过咳嗽或打喷嚏传播疾病”，但从未证明将细菌喷洒到空气中会使附近的人或动物患病。对健康志愿者鼻腔微生物群的研究表明，鼻腔中始终存在数十亿种细菌，有些甚至被称为“病原体”。显然，仅仅存在这些微生物不足以引起疾病。
不幸的是，病原体理论的狭隘视野意味着主流研究人员不断编织新的叙述来解释他们研究中明显的不一致和明显不科学的怪异之处。例如，2020 年，一篇百日咳系统综述论文发现许多“病例”症状轻微或没有症状，并得出结论：“本综述中包括的研究报告显示，百日咳病例家庭接触者中无症状和轻度/非典型感染的发生率很高。”这与 2015 年的另一篇论文相呼应，该论文指出：“无症状传播是美国和英国百日咳复发的许多观察结果的最简约解释。”难道这不意味着，将完全健康的人视为“感染”者或疾病携带者的说法已开始使这一理论逐渐站不住脚了吗？
然而，对于许多研究人员来说，坚持病原体理论继续巩固了所有道路都通向疫苗的趋势。例如，2013 年的一篇关于“百日咳复发”的论文建议我们“选择最有效的疫苗和接种策略”，并继续声称“病原体适应揭示了细菌防御的薄弱环节，从而指出了改进疫苗接种的方法。”试图通过“病原体适应”和疫苗免疫力减弱来解释百日咳的轻微持续，这只是病原理论家试图将对自然界的观察纳入其模型的另一个例子。这种受损理论的后果是它无法识别和纠正疾病的真正原因。
因此，如果从未证明这种细菌本身就会导致百日咳，那么百日咳的可能病因是什么？由于以百日咳模型为中心的持续研究和确认偏差，这个问题仍未得到解答。然而，我们可以合理地怀疑各种环境和营养因素都会影响个人的“环境（地形）”，从而导致患病。2 不幸的是，研究往往侧重于家庭接触等因素，而不是病例的潜在身体特征。例如，2017 年的一项流行病学研究得出结论：
与青少年同住是成人和青少年百日咳的重要风险因素。儿童百日咳疫苗接种计划的主要重点是预防婴儿疾病。尽管有证据表明青少年接种疫苗并不能为婴儿提供间接保护，但我们的研究结果强调了 10-14 岁儿童在百日咳传播给年龄较大的青少年和成人方面的重要性。
虽然“与青少年同住”这一观察结果被确定为一个风险因素，但它只是一种关联，不能声称证明因果关系。在这种情况下，这意味着青少年正在将百日咳杆菌感染给家中的其他人。虽然流行病学研究可能会提供一些可能导致疾病的线索，但如果结论依赖于未经证实的假设，它们可能会产生危险的误导。CDC 报告称，大约 90% 的百日咳病例发生在发展中国家，这一点非常重要。虽然 CDC 声称这是由于疫苗接种率低造成的，但它忽略了一个严峻的现实，即发展中国家的儿童营养不良率和接触大量可能危及健康的环境因素的几率要高得多。
我们还知道，与非致命病例相比，百日咳致死病例的儿童出生体重明显较低，胎龄也较小。不幸的是，没有收集更多关于潜在身体、营养和毒理因素的数据。对于抗生素等“传统”治疗，情况尤其如此。甚至连“科克伦合作评论”（Cochrane Collaboration Review）也得出了这样的结论：
该审查的结果表明，使用抗生素治疗百日咳可有效消除患者体内的百日咳杆菌，使其不再具有传染性，但不会改变疾病的后续临床病程……没有足够的证据来确定预防性治疗百日咳接触者的益处。抗生素预防与副作用密切相关，并且没有显著改善临床症状、百日咳、阵发性咳嗽、在 6 个月以上的接触者中出现百日咳培养阳性或阵发性咳嗽超过两周的病例数。
我们对这个基本准确的结论的唯一批评是，消除患者体内的百日咳杆菌会“使他们失去传染性”，这是不合逻辑的循环思维的一个明显例子。正如科学证据表明的那样，无论患者体内是否能发现细菌，从未证明任何患者具有“传染性”。换句话说，没有证据表明人们会“传播”或“感染”百日咳。
